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转录组水平－原核微生物转录组测序
Joseph S Reddy, Ranjit Kumar, James M Watt, et al. Transcriptome profile of a bovine respiratory disease pathogen: Mannheimia haemolyticaPHL213，BMC，Bioinfermatics, 2012.
研究背景
结果：研究采用Illumina GAII测序平台、1×100单端测序模式，对牛呼吸系统病原体Mannheimia haemolyticaPHL213的转录组进行了测序，得到9M reads（平均长度96bp），用软件Bowtie将测得的序列Align到参考基因组，通过计算分析鉴定了14个新的蛋白编码区域以及44个新的sRNA。基本的转录组特征显示2837个注释区域中，95.25%能够在体外表达，还发现了1086共表达区域的潜在操纵子结构。
结论：本研究通过转录组高通量测序和结构基因注释分析，校正了以前信息注释，发现了新的蛋白编码区域和新的sRNA。还利用计算分析预测了新蛋白编码区域的增强子、终止子等调节元件，并且实验验证了Mannheimia haemolyticaPHL213已经完成的结构基因注释，
技术路线
研究结果
1. 得到的新蛋白编码区域
2. 潜在sRNA的鉴定
参考文献
[1] Joseph S Reddy, Ranjit Kumar, James M Watt, et al. Transcriptome profile of a bovine respiratory disease pathogen: Mannheimia haemolyticaPHL213, BMC Bioinfermatics, 2012.
[2] Yang Tan, Juanjuan Liu, Xiaohua Chen，et al. RNA-seq based comparative transcriptome analysis of the syngas-utilizing bacterium Clostridium ljungdahlii DSM 13528 grown autotrophically and heterotrophically, Molecular BioSystems, 2013.
