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新物种测序de novo测序即全基因组从头测序，是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序，然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装，获得该物种基因组序列图谱,同时借助比较基因组方法来探索生物的起源和进化。通过de novo测序获得一个物种的全基因组序列是快速了解该物种的一个重要途径。第二代的Illumina测序技术所测数据量大，可为基因组组装提供高覆盖率的数据，大大降低了基因组测序的成本，缩短了测序时间，因此也给基因组学研究带来了新的发展契机和革命性突破。利用高通量测序技术以及强大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。
根据物种基因组的复杂度，特别是重复区域的大小和数量等信息，科学的制备各种长度插入片段的测序文库，合理的使用不同的高通量测序技术，能够高效经济的完成高等动植物的基因组图谱绘制。
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