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转录组水平－small RNA测序
High-throughput sequencing reveals extraordinaryfluidity of miRNA, piRNA, and siRNA pathways in nematodes
Genome Res. 2013 Mar;23(3):497-508.
研究背景
为了更好理解调控RNA的进化，通过深度测序检测线虫和三个近缘物种(C.briggsae，C.remanei，和C.brenneri) 的小分子RNA ( miRNA,siRNA,piRNA)。结果表明小RNA途径整体并非一成不变, 本质上没有保守的特定序列。除了一小部分miRNA保守外,多数miRNA是种属特异性的. 尽管piRNA和siRNA并没有保守的特征序列，但是在各自途径的许多特性却是保守的。最后，我们发现性别特异性的piRNA在所有四个品种中保守，这表明piRNA在不同生殖系统中扮演不同的角色。
研究方法：
分析结果:
1. 不同物种间检测到的miRNA。
2. 不同性别个体中piRNA的表达差异。
3. siRNA的保守性特征。
参考文献
[1] Han Y, Chen J, Zhao X, Liang C et al. MicroRNA expression signatures of bladder cancer revealed by deep sequencing. PLoS One. 2011, 6(3):e18286.
[2] Wang L.W., Liu H.H, Li D.T. and Chen H.B. Identification and characterization of maize microRNAs involved in the very early stage of seed germination.BMC Genomics. 2011, 12:154.
[3] Luteijn MJ, Ketting RF. PIWI-interacting RNAs: from generation to transgenerational epigenetics. Nat Rev Genet. 2013 Jun 25
[4] Czech B, Preall JB, McGinn J, Hannon GJ. A Transcriptome-wide RNAi Screen in the Drosophila Ovary Reveals Factors of the Germline piRNA Pathway. Mol Cell. 2013 Jun 6;50(5):749-61
