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转录组水平－有参考基因组的全转录组测序
Whole-transcriptome, high-throughput RNA sequence analysis of the bovine macrophage response to Mycobacterium bovisinfection in vitro.
BMC Genomics. 2013 Apr 8;14(1):230.
NalpasNC, Park SD, Magee DA, TaraktsoglouM, Browne JA, Conlon KM, Rue-Albrecht K, KillickKE, HokampK, LohanAJ, Loftus BJ, Gormley E, Gordon SV,MachughDE.
研究人员选用6头感染牛结核的荷斯坦母牛，从其单核巨噬细胞（monocyte-derived macrophages，MDM）样本中抽提RNA，进行测序。平均每个样本得到7.2M reads，与未感染结核杆菌的样本相比，感染结核杆菌后分别有2584个正义链基因和757个反义链基因差异表达。GO分析表明：这些差异表达的基因主要与免疫、细胞凋亡和信号传导相关。同时与高密度的Affymetrix基因芯片的方法进行比较，数据结果显示：在基因转录的检测与定量上，RNA-seq获得更多的差异表达基因，具有更大的动态范围。本研究突出了RNA-seq在免疫调控机制形成方面的应用。
研究方法
结果分析
映射到黄牛参考基因组上特殊和复杂位置的序列
在感染牛结核病24h后，死亡受体的信号通路
参考文献
[1] Xinkun Wang. RNA-Seq analysis of two brain regions vulnerable to Alzheimer's disease, BMC Proceedings, 2012, 6: 53.
[2] Wei Sun, Yijuan Hu. eQTL Mapping Using RNA-seq Data. Stat Biosci, 2013, 5: 198–219.
[3] Heesun Shin, Casey P. Shannon, Nick Fishbane,et al,. Variation in RNA-Seq Transcriptome Profiles of Peripheral Whole Blood from Healthy Individuals with and without Globin Depletion. PLoS ONE, 2014, 9(3): e91041.
