前言
DNA甲基化在调节基因表达中起着动态作用。它使细胞获得并保持一种特殊状态，抑制病毒和非宿主DNA元素的表达，并促进对环境刺激的反应。异常的DNA甲基化（高甲基化或低甲基化）及其对基因表达的影响与许多生物学过程有关，包括癌症、神经疾病、衰老和发育。
甲基化研究的主要手段有全基因组甲基化测序(WGBS)、简化基因组甲基化测序(RRBS)、甲基化DNA免疫共沉淀测序(MeDIP-seq)以及甲基化芯片。其中甲基化芯片MethylationEPIC BeadChip以其稳定性、可重复性以及性价比，在甲基化研究领域被广泛应用。目前主流人类DNA甲基化芯片是针对人类的450K 和 850K 两种，然而研究人员也需要针对模拟人类疾病状态的模型生物进行研究。
为了满足这一需求，dafabet手机黄金版引入了Illumina提供的Infinium小鼠甲基化芯片。通过FOXO BioScience，Inc.与Van Andel Institute的Peter Laird博士、Hui Shen博士和Wanding Zhou博士合作开发的内容，Infinium Mouse Methylation BeadChip能够对研究实验室中使用的几乎所有鼠种进行表观遗传学分析，包括野生型、敲除型、转基因和其他类型的工程鼠。通过在单个CpG位点水平上提供定量甲基化测量，该阵列为理解表观遗传变化提供了强大的解决方案。
Infinium Mouse Methylation BeadChip
1.全面的覆盖范围：以单核苷酸分辨率检测>285K个甲基化位点
Infinium小鼠甲基化芯片提供了癌症中CpG岛、转录起始位点（TSS）、增强子、印迹位点、基因体区域、重复元件区域、层粘连蛋白连接域、CTCF结合位点和超甲基化区域的平衡覆盖，以全面了解小鼠基因组中的甲基化景观。
Infinium小鼠甲基化芯片覆盖的位点总结
2.高测定重现性：技术复制的再现性>98%
再现性是根据技术复制结果的相关性确定的，Infinium甲基化技术显示出高再现性。
Infinium小鼠甲基化芯片上小鼠肿瘤SMAD3敲除(KO) DNA样本的β值的技术复制显示出>98%的r2值
3.广泛的应用：支持表观基因组范围的关联研究，异种移植实验、临床前研究等
Infinium小鼠甲基化芯片实现了从基础科学研究到临床前研究的广泛应用。有超过200K的改良小鼠菌株，其中许多是为了模拟人类疾病而创建的。Infinium小鼠甲基化珠芯片可用于表观基因组范围的关联研究，由于能够在具有统一遗传背景的受试者中进行环境暴露导致的DNA甲基化变化的测试，因此有助于小鼠进行表观基因组关联研究。
样本要求
样品总量：每个样品总量不少于1ug。
样品浓度：最低浓度不低于50ng/ul。
样品纯度：OD 260/280值应在1.8～2.0 之间。
样品质量：基因组完整、无降解、无RNA污染。
样品运输：DNA低温运输（-20℃）；且在运输过程中请用封口膜将样本密封好，以防出现污染。
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样本质控统计
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数据预处理和质控
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整体甲基化水平
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甲基化水平密度分布图
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甲基化分布box图
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PCA 聚类图
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差异甲基化位点
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差异位点表格
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差异位点热图
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两组样本PCA图
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差异在染色体上的分布
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两组样本间比较火山图
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差异甲基化区域
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差异甲基化区域表格
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功能分析
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GO富集分析
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KEGG富集分析
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部分结果展示
甲基化水平密度分布图
标准化Beta值的Boxplot图
PCA 聚类图
差异甲基化位点的热图
差异位点比较火山图
差异甲基化基因GO富集柱状图
差异甲基化基因KEGG富集气泡图
1. Meyer O S , Andersen M M , Brsting C , et al. Comparison of global DNA methylation analysis by whole genome bisulfite sequencing and the Infinium Mouse Methylation BeadChip using fresh and fresh-frozen mouse epidermis[J]. Epigenetics. 2022在这项研究中，作者使用Illumina最近发布的Infinium小鼠甲基化微珠芯片和全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）比较了无毛小鼠表皮的整体DNA甲基化水平。两种方法得出的甲基化水平具有高度相关性，证明这两种分析方法对小鼠表皮DNA甲基化的研究通常同样有效，并且发现新鲜和新鲜冷冻表皮通常可以同样有效地使用。
2. Mani S，Ghosh J，et al. Embryo cryopreservation leads to sex-specific DNA methylation perturbations in both human and mouse placentas. Human Molecular Genetics.2022
体外受精（IVF）与DNA甲基化异常和不良妊娠结局的发生率较高有关。然而，在众多试管婴儿干预措施中，哪些暴露导致了这些结果仍然未知。冷冻胚胎移植（ET）越来越多地被用作新鲜胚胎移植的替代品，但报告表明冷冻胚胎移植的先兆子痫和大于胎龄儿的发生率更高。本项研究使用850K Infinium MethylationEPIC珠芯片阵列检测了人类胎盘中的DNA甲基化，对9名患者在采取冷冻和新鲜胚胎移植连续怀孕后提供的胎盘进行配对亚组分析。同时，使用Infinium Mouse Methylation BeadChip小鼠甲基化微珠芯片分析来自新鲜和冷冻胚胎移植的八个小鼠胎盘。研究发现与新鲜胎盘相比，冷冻ET后的人和小鼠胎盘显著甲基化，并且这些表观变化具有性别差异性。小鼠和人类的变化之间的相似性强调了小鼠模型在评估体外受精如何影响表观遗传景观方面的适用性，这对于获得人类组织的有限途径和在小鼠中分离特定干预措施的能力是有价值的。
3. Perez-Correa J F, Tharmapalan V，et al. Epigenetic Clocks for Mice Based on Age-Associated Regions That are Conserved Between Mouse Strains and Human. Front Cell Dev Biol. 2022
小鼠的衰老可以通过基因组中特定位点的DNA甲基化变化来追踪。在本项研究中，作者使用最近发布的Infinium Mouse Methylation BeadChip小鼠甲基化微珠芯片来比较C57BL/6（B6）和DBA/2J（DBA）小鼠中的这种表观遗传修饰。在这些常用的近交系小鼠菌株中观察到了与年龄相关的DNA甲基化的显著差异：在B6小鼠中，年龄相关的低甲基化盛行于CpG岛的集中甲基化，而在DBA小鼠中，CpG岛在衰老时表现出相当低的甲基化。有趣的是，在B6和DBA小鼠中，年龄相关性最高的CpG仍然重叠，包括基因Hsf4、Prima1、Aspa和Wnt3a。其中Hsf4、Aspa和Wnt3a在人类同源区域的甲基化也与年龄高度显著相关。作者使用四个相关区域的焦磷酸盐测序建立了一个靶向表观遗传时钟，为其他研究人员分析小鼠衰老提供了一个通用工具。
